Update the process when only Report Engine is running

@@ -7,7 +7,7 @@ Report Engine 命令行版本
 1. 检查PDF依赖
 2. 获取最新的log、md文件
 3. 直接调用Report Engine生成报告（跳过文件增加审核）
-4. 自动保存HTML和PDF（如果有依赖）到final_reports/
+4. 自动保存HTML、PDF（如果有依赖）和Markdown到final_reports/（Markdown 会在 PDF 之后生成）
 
 使用方法：
     python report_engine_only.py [选项]
@@ -15,6 +15,7 @@ Report Engine 命令行版本
 选项：
     --query QUERY     指定报告主题（可选，默认从文件名提取）
     --skip-pdf        跳过PDF生成（即使有依赖）
+    --skip-markdown   跳过Markdown生成
     --verbose         显示详细日志
     --help            显示帮助信息
 """
@@ -358,6 +359,52 @@ def save_pdf(document_ir_path: str, query: str) -> Optional[str]:
         return None
 
 
+def save_markdown(document_ir_path: str, query: str) -> Optional[str]:
+    """
+    从IR文件生成并保存Markdown
+
+    Args:
+        document_ir_path: Document IR文件路径
+        query: 报告主题
+
+    Returns:
+        Optional[str]: Markdown文件路径，如果失败则返回None
+    """
+    logger.info("\n正在生成 Markdown 文件...")
+
+    try:
+        with open(document_ir_path, 'r', encoding='utf-8') as f:
+            document_ir = json.load(f)
+
+        from ReportEngine.renderers import MarkdownRenderer
+        renderer = MarkdownRenderer()
+        markdown_content = renderer.render(document_ir)
+
+        timestamp = datetime.now().strftime("%Y%m%d_%H%M%S")
+        query_safe = "".join(
+            c for c in query if c.isalnum() or c in (" ", "-", "_")
+        ).rstrip()
+        query_safe = query_safe.replace(" ", "_")[:30] or "report"
+
+        md_dir = Path("final_reports") / "md"
+        md_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
+
+        md_filename = f"final_report_{query_safe}_{timestamp}.md"
+        md_path = md_dir / md_filename
+
+        md_path.write_text(markdown_content, encoding='utf-8')
+
+        file_size_kb = md_path.stat().st_size / 1024
+        logger.success(f"✓ Markdown 已保存: {md_path}")
+        logger.info(f"  文件大小: {file_size_kb:.1f} KB")
+
+        return str(md_path)
+
+    except Exception as e:
+        logger.exception(f"❌ Markdown 生成失败: {e}")
+        return None
+
+
 def parse_arguments():
     """解析命令行参数"""
     parser = argparse.ArgumentParser(
@@ -371,7 +418,7 @@ def parse_arguments():
 
 注意:
   程序会自动获取三个引擎目录中的最新报告文件，
-  不进行文件增加审核，直接生成综合报告。
+  不进行文件增加审核，直接生成综合报告，并默认在PDF之后生成Markdown。
         """
     )
 
@@ -389,6 +436,12 @@ def parse_arguments():
     )
 
     parser.add_argument(
+        '--skip-markdown',
+        action='store_true',
+        help='跳过Markdown生成'
+    )
+
+    parser.add_argument(
         '--verbose',
         action='store_true',
         help='显示详细日志信息'
@@ -413,12 +466,16 @@ def main():
 
     # 步骤 1: 检查依赖
     pdf_available, _ = check_dependencies()
+    markdown_enabled = not args.skip_markdown
 
     # 如果用户指定跳过PDF，则禁用PDF生成
     if args.skip_pdf:
         logger.info("用户指定 --skip-pdf，将跳过 PDF 生成")
         pdf_available = False
 
+    if not markdown_enabled:
+        logger.info("用户指定 --skip-markdown，将跳过 Markdown 生成")
+
     # 步骤 2: 获取最新文件
     latest_files = get_latest_engine_reports()
 
@@ -448,12 +505,15 @@ def main():
 
     # HTML 已经在 generate_report 中自动保存
     html_path = result.get('report_filepath', '')
+    ir_path = result.get('ir_filepath', '')
+    pdf_path = None
+    markdown_path = None
+
     if html_path:
         logger.success(f"✓ HTML 已保存: {result.get('report_relative_path', html_path)}")
 
     # 如果有PDF依赖，生成并保存PDF
     if pdf_available:
-        ir_path = result.get('ir_filepath', '')
         if ir_path and os.path.exists(ir_path):
             pdf_path = save_pdf(ir_path, query)
         else:
@@ -461,6 +521,15 @@ def main():
     else:
         logger.info("⚠ 跳过 PDF 生成（缺少系统依赖或用户指定跳过）")
 
+    # 生成并保存Markdown（在PDF之后）
+    if markdown_enabled:
+        if ir_path and os.path.exists(ir_path):
+            markdown_path = save_markdown(ir_path, query)
+        else:
+            logger.warning("⚠ 未找到 IR 文件，无法生成 Markdown")
+    else:
+        logger.info("⚠ 跳过 Markdown 生成（用户指定）")
+
     # 总结
     logger.info("\n" + "=" * 70)
     logger.success("✓ 报告生成完成！")
@@ -468,7 +537,19 @@ def main():
     logger.info(f"报告 ID: {result.get('report_id', 'N/A')}")
     logger.info(f"HTML 文件: {result.get('report_relative_path', 'N/A')}")
     if pdf_available:
-        logger.info(f"PDF 文件: final_reports/pdf/ 目录下")
+        if pdf_path:
+            logger.info(f"PDF 文件: {os.path.relpath(pdf_path, os.getcwd())}")
+        else:
+            logger.info("PDF 文件: 生成失败，请检查日志")
+    else:
+        logger.info("PDF 文件: 已跳过")
+    if markdown_enabled:
+        if markdown_path:
+            logger.info(f"Markdown 文件: {os.path.relpath(markdown_path, os.getcwd())}")
+        else:
+            logger.info("Markdown 文件: 生成失败，请检查日志")
+    else:
+        logger.info("Markdown 文件: 已跳过")
     logger.info("=" * 70)
     logger.info("\n程序结束")